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对39份马铃薯晚疫病菌菌株的SSR扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳后,分别用银染、溴化乙锭（EB）染色并统计清晰特征条带。实验结果表明银染分辨率高,但检测到较多的杂带,EB染色的灵敏度虽比银染差,仍能获得高质量的目的条带;理论计算的SSR目的条带的质量范围是147.5～226.7 ng,都超过了2种染色方法需要的最小理论质量。实验结果和理论分析同时表明2种染色方法皆可用于马铃薯晚疫病群体多样性的研究。