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研究了基于S变换的电离层相位去污染算法,针对S变换瞬时频率估计存在对低频估计性能较差的问题,提出了基于广义S变换电离层去污染算法,并将该算法应用于超视距雷达的电离层相位去污染中。实验结果显示,相比其他方法,如最大熵谱估计算法、伪Wigner-Ville分布电离层相位去污染算法、改进的自适应短时傅里叶变换方法等,文中提出的方法在低复杂度条件下可以得到更好的去污染性能。