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通过对退火温度、镁离子浓度、聚合酶浓度等因素进行优化，建立了适合蝴蝶兰ISSR分析的优化反应体系，并将此体系用于分析22个蝴蝶兰品种／品系．从80个引物中筛选出14个引物，共扩增出188条片段（多态性条带比例为84％），表明供试品种／品系间具有丰富的遗传多态性．并且检测出了19条品系特异性条带，可用来鉴定供试蝴蝶兰中的11个品系．22个品种／品系在遗传距离L=0．254处可分为8个组，两个最大的组分别代表红色系和白色系，可见聚类情况与花色特征比较一致．