目的研究2013年西安地区普通手足口病(HFMD)病例中柯萨奇病毒A6型(CA6)的流行情况及其基因特征。方法从2013年采集的普通HFMD病例标本中随机挑选250份非肠道病毒71型(EV71)非柯萨奇病毒A16型(CA16)的其他肠道病毒核酸阳性者,利用实时荧光逆转录酶联聚合反应检测CA6,扩增部分阳性标本VP1(viral protein,VP)基因,并测定序列,与CA6其他参考序列比对,进行进化分析。结果在250份样本中CA6阳性者共191份,阳性率为76.4%。进化分析显示西安地区2013年CA6与近年来流行于世界各地的CA6新变种同源性较高,而与原型株进化距离较远。序列比对发现本地毒株VP1与CA6新变种核苷酸序列相似性在89.7%~97.5%,编码氨基酸相似性为96.0%~99.7%;与CA6原型株及2006年以前中国大陆分离株核苷酸相似性为82.3%~83.8%,氨基酸相似性为93.8%~94.9%。结论 2013年西安地区HFMD普通病例病原以CA6为主,流行株为近年来流行于全球各地的CA6新变种。