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利用58对SSR引物所检测出的158个等位基因位点对44份三系杂交粳稻亲本品种（系）进行遗传相似性分析，44个粳稻品种（系）间遗传相似系数的变异范围为0．54～0．96。采用非加权类平均法进行聚类分析，在相似系数0．71处，可将44个粳稻品种（系）分为4类，绝大多数品种（系）都聚为第四类群，第四类群在遗传相似系数0．75处，又可分为5个亚群，所有的保持系和不育系单独聚为E亚群。