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党的十六届三中全会决定中确定的深化税制改革的指导思想是：按照简税制、宽税基、低税率、严征管的原则，稳步推进税收改革。按照上述原则，深化税制改革的目标是要按照完善社会主义市场经济体制的要求，在流转税和所得税双主体并重，其他税种辅助配合的税制结构基础上，建立起一个能适应经济波动并进行有效调节、体现国家产业政策、鼓励科技创新，促进国民经济持续快速健康发展的税制体系。