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随着国家反腐败工作的深入，高校科研领域违纪违规问题出现的频率及其危害程度都将降低，合规性审计的价值变小，今天的高校已经进入提高教学质量、注重内涵发展的新阶段，内外部环境的变化，让高校审计部门面临着转型与发展的压力。本文结合新情况，对科研经费审计转型及之后的内部控制审计和绩效审计进行思考，提出完善科研人员激励约束机制、建立绩效评价指标库、审计专家库和实行科研项目全成本核算等政策建议。