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在基于靶蛋白结构的多肽分子设计中，药效假说是从头设计方法的基本前提。虽然该假说是否成立已有不少议论，但尚未见到系统分析的报道。通过对８个蛋白质复物界面做了氨基酸模拟图谱，并从模拟图谱的结构偏差与能量分量的关系，对药效假说的适用条件进行了讨论。同时也给出一个ＨＩＶ－１蛋白酶及抑制剂复合物的功能图谱。从所得结果来看，药效假说在以氨基酸为药效基团时，尽管不少情况下仍然有效，但不是谱遍成立的。