【摘 要】
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对肺炎链球菌双组份系统中的组氨酸激酶YycG进行同源模建,并分析其与底物ADP的相互作用,为寻找特异性的激酶抑制剂提供了理论依据。采用同源模建的方法构建YycG蛋白的三维结
【机 构】
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重庆医科大学医学检验系临床生物化学教研室临床检验诊断学省部共建教育部重点实验室; 中国科学院上海药物研究所;
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(No.30671868);重庆市自然科学基金项目(No.2007BB5283)资助~~
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对肺炎链球菌双组份系统中的组氨酸激酶YycG进行同源模建,并分析其与底物ADP的相互作用,为寻找特异性的激酶抑制剂提供了理论依据。采用同源模建的方法构建YycG蛋白的三维结构,并用ProCheck、Profile3D软件对此结构模型的合理性进行验证;用Autodock4.0软件将结构模型与ADP进行自动对接,分析二者之间的相互作用。序列比对结果显示肺炎链球菌YycG蛋白与Thermotoga maritima X-ray晶体结构序列的同一性达33%;YycG模建后的结构与模板能很好的叠合;在活性口袋处的保守的氨基酸残基Asn145、Asn149、Lys152以及口袋内部的疏水残基在结合、水解底物ADP的过程中发挥重要作用。组氨酸激酶YycG的模建合理,该结构模型可作为设计抗菌药的研究起点。
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