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国家创新体系理论论证了创新会受到市场结构的影响,不同的市场结构会主导国家创新的方式并且形成该国特有的创新模式。美日作为长期占据国家创新排名前两位的国家,两者之间的创新模式却截然不同,本文首先分析了美日之间的创新差异以及我国与两者之间的差异,然后构建仿真模型论证市场结构对于创新差异的影响,即自由型市场经济更适合高新企业的破坏性创新而合作型市场经济更适合传统制造业的延续性创新。