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虾虎鱼类种类多、体型小、形态多样并且体征存在不同程度的退化及特化,导致形态鉴定及谱系分类较为困难。线粒体基因组因其遗传结构的优势及进化上的独特性已被广泛地应用于物种鉴别、分类以及系统发育等研究。传统的形态学分类将2000多种虾虎鱼类分为9大科,其中庞大的虾虎鱼科中又细分为5个亚科,然而,