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目的对腹腔镜手术在治疗小儿消化道畸形中的临床应用价值进行分析和探讨。方法选取我院2015年1月-2016年2月收治的消化道畸形患儿94例作为研究对象，使用随机数表法将患儿平均分为观察组和对照组，观察组患儿接受腹腔镜微创手术的治疗，对照组患儿接受传统开腹手术的治疗，比较两组患儿治疗效果。结果观察组患儿平均手术、住院时间均少于对照组患儿，不良反应总发生率更低（2．13％VS14．89），上述各指标的组间比较，差异有统计学意义（P〈0．05）。结论腹腔镜手术治疗小儿消化道畸形价值显著、安全可靠，值得推广使用。