人体肠道菌群与健康息息相关，一旦肠道菌群失调会导致肠道功能紊乱，引发多种肠道疾病。本文从服用水苏糖、益生菌纯粉（Compound Probiotics，CPb）和合生元MF-13三种微生态制剂干预不同肠道疾病人群，利用Ion Torrent PGM? 测序平台等手段，重点关注粪便中肠道菌群结构以及胆固醇和胆汁酸含量的变化，探讨干预过程中对志愿者肠道菌群结构和脂代谢的调控能力。研究结果显示，不同肠道疾病人群被微生态制剂干预后，分析获得1067 个OUT；优势菌门为硬壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes），二者占到了总序列数的91.65%，其中拟杆菌门（Bacteroidetes）约占总序列数的70.10%，其门下的拟杆菌属（Bacteroides）和普雷沃氏菌属（Prevotella）为优势菌属，各占总序列数的33.1%和33.8%。在门水平上，水苏糖能促进拟杆菌门而抑制硬壁菌门菌群的增殖，CPb对各菌门丰度的影响趋势不明显，MF-13对变形菌门和放线菌门菌群的增殖有促进作用；三组微生态制剂干预前后菌属丰度变化结果显示：水苏糖组引起便秘和失眠样本中的萨特菌属的丰度显著降低，CPb组引起腹泻样本中萨特菌属显著降低，而柔嫩梭菌属（Fusobacterium）丰度显著升高；MF-13组引起Parabacteroides的丰度升高。通过对肠道菌群多样性分析发现，仅chao1指数在MF-13干预前期有显著（P＜0.05）升高，其他多样性指数无显著性变化。对肠道菌群结构变化进行聚类和NMDS分析，结果显示大部分样本在微生态制剂干预过程中菌群结构都产生变化，各群体间菌群结构有相互交叠的趋势。利用Metastat统计学分析个体之间存在显著差异的肠道菌群，发现各微生态制剂干预前后整体OTUs丰度无显著变化，在志愿者个体之间差异较大。根据关联粪便样品中胆固醇和胆汁酸含量的变化，发现MF-13对肠道两种成分的排放有显著的（P＜0.05）促进作用。结论：水苏糖对志愿者肠道菌群结构的影响显著，而CPb和MF-13的影响不显著，但MF-13能够增加肠道胆固醇和胆汁酸的排放，有利于肠道胆固醇的代谢，揭示了MF-13在干预过程中对肠道胆固醇和胆汁酸含量的影响是有效且显著的，但干预的持续性不明显，且在干预过程中对维持机体健康状态具有积极作用。