目的分析功能性胃肠病患者中肠道菌群与脑源性神经营养因子（BDNF）及紧密连接蛋白ZO1表达的相关性。方法选取山西省人民医院消化科2014年8月至2015年3月诊断为功能性胃肠病行肠镜检查患者32例,同时收集粪便和结肠黏膜标本,提取粪便和黏膜组织DNA后,对16S rRNA基因的V3^V4区进行高通量测序。使用实时荧光定量聚合酶链反应方法检测BDNF和ZO1的mRNA表达量,并应用生物信息学方法比较粪便和黏膜菌群差异,并对粪便、黏膜菌群与BDNF和ZO1表达量的相关性进行分析。结果在属水平,许多菌的丰度在粪便菌群和黏膜菌群中存在显著差异。在种水平,十几种菌与BDNF的表达量显著负相关,而另外也有十几种菌与ZO1的表达量呈显著正相关。粪便和黏膜与同一蛋白相关的菌种不同。粪便中的Gardnerella_vaginalis和Sutterella_sp.₂52菌以及黏膜中的Bacteroides vulgatus,uncultured Ruminococcus sp.,uncultured bacterium adhufec236,bacterium Shr3,uncultured bacterium adhufec77.25与BDNF和ZO1同时存在显著的相关性。粪便中与BDNF呈负相关的菌株butyrate-producing bacterium_GM2/1和Bifidobacterium_longum在黏膜中与ZO1表达呈显著正相关。结论功能性胃肠病患者中多个菌株与BDNF负相关的同时与ZO1正相关,有可能成为同时调控BDNF和ZO1表达的备选菌种用于功能性胃肠病的治疗。