【摘 要】
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本研究以赤散囊菌Eurotium rubrum全基因组序列为对象,利用HMMER软件构建隐马尔可夫模型(hidden markov models,HMM)结合BLAST的方法鉴定了促分裂原活化蛋白激酶(mitogen-act
【机 构】
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贵州省生物技术研究所; 贵州省农业生物技术重点实验室; 贵州师范大学生命科学学院; 贵州省农业科学院;
【基金项目】
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贵州省科学技术基金(黔科合LH字[2014]7693,[2014]7688);黔农科院自主创新专项([2014]004,[2011]037)~~
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本研究以赤散囊菌Eurotium rubrum全基因组序列为对象,利用HMMER软件构建隐马尔可夫模型(hidden markov models,HMM)结合BLAST的方法鉴定了促分裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)超家族。通过构建系统发育树对鉴定蛋白进行分析,并利用MEME软件进行了保守性基序的预测及活性位点注释。分析结果表明,赤散囊菌基因组包含了4个MAPK蛋白,分别属于Hog1-type、Mpk C-type、Slt2-type和Fus3/Kss1-type类型;3个MAPK kinase(MAPKK)蛋白,分别属于MKK1-type、Pbs2-type和Ste7-type类型;3个MAPK kinase kinase(MAPKKK)蛋白,分别属于BCK1-type、Ste11-type和Ssk22-type类型。保守性基序分析及注释结果表明,MAPKs超家族蛋白都包含了蛋白激酶活性位点"-D[L/I/V]K-"以及保守性的ATP-binding标签序列。MAPK与MAPKK蛋白分别包含了"-Tx Y-"和"-SD[I/V]WS-"磷酸化位点,且MAPK蛋白还包含一个保守性的common docking基序(CD motif),而MAPKKK蛋白则包含了一个功能不明的保守性基序,其一致性序列为"-GTPYWMAPEV-"。研究结果为揭示MAPKs信号途径在赤散囊菌中参与调控的生物学过程奠定了基础。
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