实现国家治理体系和治理能力现代化的战略目标要求将国家治理与社会治理作为一个整体来认识。治理现代化进程中非营利组织与政府的关系在政策领域合作不断加强。其现实困境是:以政府的体制吸纳为基础而发展起来的社会治理主体系统,会造成社会的自组织能力下降;政府在社会治理领域的强势行为,很可能造成非营利组织和社会公众对未来预期的判断力和承受能力的下降;政府在社会治理中的绝对主导和领导,也会造成政府权力的无限扩张,对非营利组织造成挤压。实现国家治理层面的政府与社会治理层面的非营利组织有效合作,必须明确政府在社会治理中的角色和责任。其责任就是构建科学的社会治理体系,即构建社会信任机制、信息共享机制、公共对话机制、改革非营利组织的登记制度,真正实现政府治理和社会自我调节、居民自治良性互动。政府责任实现的公共政策是:构建非营利组织存在与发展的"四维"合法性政策,完善非营利组织运行与发展的资源获取政策。