[目的]为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在鳅科鱼类物种鉴定中的有效性及在系统进化关系分析中的适用性,对鳅科鱼类3亚科18属61种共358条线粒体COI基因序列进行了分析.[结果]61种鳅科鱼类的种内和种间的平均遗传距离分别为0.010和0.162,种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的16.2倍.鳅科鱼类遗传距离在种内、种间重叠较少,能形成一定的DNA条形码间隙.ABGD分类把61个物种划分为66个OTUs,OTUs的划分与距离法基本一致.系统聚类中,有6组鱼类物种个体间相互混杂,不能按各自的物种聚类,有4个物种分化成明显的两支,46个物种能按各自的形态学分类分别聚成单支.南鳅属、花鳅属、似鳞头鳅属、瘦身鳅属和泥鳅属中部分物种没有按其形态学分类的属聚在一起.沙鳅亚科能形成单系,但条鳅亚科和花鳅亚科不能形成单系.在研究中,COI条形码可以鉴定鳅科鱼类75.41％的物种,另外,COI条形码也能够明确大多鳅科鱼类属和亚科的分类地位,研究结果可为鳅科鱼类的物种鉴定和系统分类提供参考.