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我所成立于1951年，原为云南省人民政府卫生厅鼠疫防治所，业务比较单一。鼠疫大流行控制后，随着卫生事业的发展，20世纪60年代初，我所与省血吸虫病防治所合并组成“云南滇西流行病防治研究所”。1965年根据省人委的批示，省血防所独立分出，我所更名为“云南省流行病防治研究所”。根据云政办发（2001）137号文，关于云南省疾病预防控制体制改革实施意见。我所更名为“云南省地方病防治所”，在原从事以鼠疫为主的自然疫源性疾病防治研究的基础上增加碘缺乏病、地方性氟中毒、克山病、血吸虫病、狂犬病、病毒性心肌炎等地方病，