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会宁鼠疫自然疫源地是甘宁黄土高原阿拉善黄鼠疫自然疫源地的一部分，为该疫源地的西部边缘区，疫源面积３７０００ｈａ，占整个疫源面积的１２．９１％，疫史可追溯到１７３８年，１９６２年人间鼠疫为最后一次流行，共发病２６人，死亡１１人，并从人尸和沙狐体内分离出鼠疫杆菌。１９６３年从主要宿主阿拉善黄鼠及其主要媒介方形黄鼠蚤蒙古亚种体内分离到鼠疫杆菌。动物间鼠疫的流行在时间分布上仅限于阿拉善黄鼠地面活动的４￣８