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利用分子标记检测的方法，对不同水稻品种间的淀粉合成相关基因的基因型进行了系统筛选。结果显示，淀粉合成相关基因在籼粳亚种间表现出较好的多态性，在籼亚种内存在较大变异，在粳亚种内较为保守，籼稻品种9311和明恢63的基因型更接近于粳稻品种；在28个粳稻亲本中检测到6个淀粉合成相关基因存在着2种或3种等位基因型。利用在关东194和武粳13之间具有多态性的可溶性淀粉合成酶基因SSIIa和SSIIIa的分子标记，在其杂交后代88份粳稻品系中检测到2个基因的4种基因型。