对2000—2017年陕西省两类科研院所发展经济效率的调研数据进行比较分析,研究结果表明:1.通过科研院所企业化转制,可带动陕西科研院所整体经济效率提升,并能充分发挥经营型与科研型两类科研院所的效率优势,但会造成两类科研院所经济效率稳定性的改变.2.转制以来,陕西两类科研院所全要素生产率的增长率均得到快速提升,且经营型科研院所提升速度更快,并在技术效率、规模效率的增长上更具优势.3.两类科研院所在经济效率提升上还存在经营型科研院所技术水平不升反降,两类科研院所规模报酬难以提高等问题.为此,需要两类科研院所在技术创新领域加强合作,依托科研型院所技术进步,带动经营型科研院所技术水平改善与提高.同时,明确科研院所改革发展创新驱动模式,实现由技术、管理、资本带动科研院所创新发展,实现由个体创新走向融合创新的发展道路.