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目的：应用ITS2序列对药材射干与川射干及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究，保障临床用药安全。方法：提取射干、川射干及其混伪品和近缘种的 DNA ，经 PCR扩增后测序，通过 CodonCode Aligner V3.7.1对测序序列进行质量分析和拼接，基于MEGA5.1中的K2P模型计算射干与川射干及其混伪品的种内、种间遗传距离及构建系统聚类树。结果：射干的ITS2序列比对后长度为272 bp，种内最大K2P距离为0，平均GC含量为52.22%。川射干的ITS2序列比对后序列长度为268 bp，种内最大