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区域间科技发展不平衡已成为影响区域经济协调发展的重要因素，结合1997—2007年面板数据，运用回归分解方法对我国东、中、西部三大区域的科技差异进行分解，量化了相关决定因素对空间科技差异的贡献。研究结果表明：造成东部地区与中部地区科技水平差距的主要原因是地区间禀赋差异，而造成东部地区与西部地区科技水平差距的因素则由地区间禀赋差异和投入要素的边际影响共同决定；通过市场化调整促进区域科技协调发展，对中部地区的效果较为明显，对西部地区则效果次之。