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寄生线虫病严重危害人和动物的健康，但目前防治寄生线虫病尚存在困难。随着分子生物学技术的迅速发展，运用生物技术手段来控制寄生线虫病将成为可能，由此而来，研究寄生线虫的基因功能具有非常重要的意义。本文简要概述了研究寄生虫功能基因组学的一些方法，如研究差异表达基因的方法、RNA干涉技术、寄生虫的转基因技术和生物信息学等，并综述了猪蛔虫、圆线科线虫、旋盘尾丝虫、旋毛虫、马来布鲁线虫和有齿食道口线虫等一些重要寄生线虫在功能基因组学上的研究进展。