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由于家蚕染色体数目较多、着丝粒弥散，在较长时期内，家蚕染色体识别、核型分析、染色体结构和功能的研究都受到很大限制。近年来，应用比较基因组杂交、基因组原位杂交、基于细菌人工染色体克隆的原位杂交技术建立了家蚕的细胞学图，综合分子连锁图构建高密度的细胞遗传学图已成为可能。分子细胞遗传学的应用正在推动家蚕染色体结构和功能的研究，揭示出家蚕w染色体密集地分布着嵌套结构的逆转座子，染色体端粒由重复序列（TTAGG）n以及端粒特异的非长末端逆转座子TRAS1和SART1组成，TRAS1、SART1具有较高的转录活性，可