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脉冲星拥有高度稳定的自转周期，可用对其的观测信息来校正星载原子钟钟差。针对脉冲星守时系统中脉冲到达时间的微小偏差会严重影响守时精度的问题，提出一种考虑系统偏差的脉冲星守时算法。基于脉冲星守时的基本原理，梳理了影响守时系统性能的系统偏差因素，并建立了模型。利用二步卡尔曼滤波算法，在估计原子钟钟差的同时，解耦估计系统偏差。研究结果表明，本算法可以有效地降低系统偏差对脉冲星守时系统的影响。该算法为脉冲星守时系统的工程实现提供了一条可行的思路。