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国家“十三五”规划明确提出促进高等学校全面参与国家创新体系建设,而提升高校科研创新效率是实现上述目标的关键环节。本文采用数据包络分析法(DEA)评估2009~2013年中国各省份高校科研创新效率,并分析未能达到最优效率省份的科研投入产出偏差值。针对已经达到与尚未达到科研创新效率最优值的两类省份,提出推动高校科研创新活动效率提升的政策建议。