在陈可冀院士众多的研究成果中，清宫医药档案研究是最富有特色、备受国内外关注的研究。
　　中国第一历史档案馆现存的清代宫廷原始医药档案材料多达3万余件，包括皇帝、后妃、太监及王公大臣等原始诊病记录。有的逐日记载，一年订成一册，如同治皇帝患天花病，自发病至驾崩，长达36天，病状处方每天记录，前后相承而无空缺。其中以慈禧、光绪、李莲英等的“脉案”最为完整，其间有数年连续，无一日或缺。这些史料，反映了清代的医学水平，是继承发扬中医学术精华、研究清代医学史的重要案卷。可惜自清王朝被推翻后，未曾进行系统整理。
　　1956年初，陈可冀刚刚来到北京时，曾几度参观故宫博物院，对玻璃柜中陈列的帝王后妃诊病档案倍感兴趣。1980年夏，他正式向领导建议，对上述宫廷脉案、内务府抄件、皇帝及皇后用药底簿及配方、御药房各项记录、皇帝有关医药之种种“朱批”、宫中敬事房档案及皇上“起居注”等资料，进行整理研究。该建议得到了当时中国中医研究院院长季钟朴教授、西苑医院院长郑学文副研究员及中国第一历史档案馆诸馆长的大力支持。经中央档案局、国家档案馆同意，双方正式达成合作整理协议。
　　后来，陈可冀回忆起当年的情景：“清宫医案内容非常丰富，我们査了3万多件档案。这些档案材料都放在麻袋里面，放在不起眼的楼上，过去大家对明清档案的兴趣都是政治方面的，医药档案很多人不懂。这些档案，有很多是很好的，有的装订成一本一本的，就是所谓的用药底簿；也有一张一张的处方，都碎了，手一碰上去就碎了，而且味道特别难闻，一打开就咳嗽。”
　　陈可冀将清宫医疗经验及特色总结归纳为8方面：维护宫廷利益，崇尚实效，辨证论治；师古而不泥古，法度谨严，广用经方；借重通腑治法，驱除积滞，推陈致新；征用温病时方，不期师古，承先启后；废除金石丹药，补益增寿，侧重调补；重视家常防病，清气化湿，消导通利；实践归经理论，应用药引，丰富多彩；运用代茶饮法，调治兼顾，因病制宜。这些经验对现代中医临床仍有积极影响。
　　陈可冀所在的西苑医院老年医学及清宫医案研究室，对清代“大内秘方”蟠桃丸、平安丹、长春丹及八仙糕等进行临床和实验研究，已获推广应用于老年病临床保健医疗。他与徐艺圃、周文泉、李春生、江幼李等历时数载而陆续完成《慈禧光绪医方选议》、《清宫医案研究》、《清宫药引精华》、《清宫外治医方精华》、《清宫代茶饮精华》、《清宫医案集成》等著作，其中《慈禧光绪医方选议》荣获“中国中医研究院成果二等奖”，被日本学者迅速译成日文出版，后又被译成英文出版；《清宫医案研究》荣获“中华医学会医史分会古籍整理金奖”；《清宫医案集成》荣获“中国出版政府奖”。
　　清宫医疗经验的系列研究工作，目前仍在进行中。我国清史研究所所长戴逸教授，已故南开大学校长、清史专家郑天挺教授均对此项工作给予很高的评价。
　　（摘自现代出版社《走进院士》 编著：石晶晶等）