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通过对我国各研发主体R&D资源投入和产出态势的分析发现,企业的研发活动表现为高投入、高产出,高等院校表现为低投入、较高产出,而科研机构表现为较高投入、较低产出。运用随机前沿模型进一步测算其R&D效率,发现高等院校研发效率最高,企业次之,科研机构最低。基于R&D效率导向,对R&D资源的优化配置提出了对策建议。