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嵌入式系统无疑是当今最热门最有发展前途的IT应用领域之一。文章首先介绍Linux和Windows CE两种嵌入式操作系统的特性，对比其异同，然后针时具体的嵌入式SCADA系统，分析在应用程序移植过程中两种嵌入式设备硬件方面的区别，逻辑结构以及操作系统API方面的差异，并给出了移植过程中解决这些差异的技术途径。