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针对自主创新的融资困境及生态体系的缺位与失调,为解决上述问题,提出优化方案。运用演化博弈理论和遗传基因算法,对金融生态的四元主体之间的自适应自学习进行理论分析,利用Repast仿真建模平台对金融生态主体在创新策略上的演变过程进行仿真分析。实验结果表明自主创新内在的风险特性与错位的融资机制使之陷入低水平锁定。最后指出在金融生态四元主体的良性循环与互惠互动过程中稳步提升金融生态促进自主创新的功能具有战略意义,应以各主体的创新策略的演化递进来持续推进企业自主创新的可持续性发展。通过仿真工具提供了解决方案的依据。