基于湖北省重点开发、限制开发和禁止开发区的528份农户调查数据,采用非参数检验和多分类Logit模型分析不同主体功能区的农户在耕作意愿、结构和强度方面的差异及影响因素,结果表明:不同功能区的农户土地利用行为差异明显。重点开发区的农户耕作意愿较弱,兼种行为居多,耕地资金投入最高、复种指数较低;限制开发区的农户耕作意愿最强,粮食作物种植比例远高于经济作物,耕地资金投入最低、复种指数最高;禁止开发区的农户耕作意愿最弱,经济作物种植比例远高于粮食作物,耕地资金投入较高、复种指数最低。户主的个人特征、家庭特征和村庄特征对其土地利用行为有显著影响。受教育年数等6个变量对耕作意愿有显著影响;经营耕地面积等8个变量对耕作结构有显著影响;种田年数等6个变量对耕作强度有显著影响。经营耕地面积、家庭种植业收入、劳动力在家务农比例、人均承包地面积、耕地流转普遍程度5项指标是造成农户土地利用行为区域差异的重要原因。