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目的比较深圳市及南宁市儿童流行性乙型脑炎（乙脑）的临床特征及差异。方法收集2009年深圳市及南宁市147例乙脑患儿的临床资料，对其进行临床特征比较分析。结果2009年深圳市乙脑疫情比南宁市严重，表现为发病例数增加，起病急、发展快、病情重，并发心肌损害比率高；而且乙脑特异性IgM抗体检查阳性率较南宁市显著降低。结论不同地区流行性乙脑的临床特征不尽相同，可能与传染源、致病病毒株、传播媒介等相关因素有关。