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目的分析云南省恶性疟原虫抗氯喹转运蛋白（Plasmodium falciparum chloroquine resistant transporter,Pfcrt）基因和青蒿素抗性相关（K13）基因的联合突变特性。方法收集2012年8月-2015年12月寄生虫病防治信息管理系统登记和报告的云南省恶性疟病例滤纸血样和流行病学史等相关信息,提取疟原虫DNA,巢式PCR扩增恶性疟原虫Pfcrt基因exon2区和K13基因kelch结构域并测序,测序序列与2655199、PF3D71343700参比序列进行比对,用MEGA 5.04、Arlequin 3.01软件分析Pfcrt基因exon2区、K13基因kelch结构域的单倍型、单倍型间期望杂合度（He）及其群体间的遗传分化指数（Fst）等,用Network 4.6.0软件制作单倍型中介网络进化图,采用Epi Data 3.1软件建立数据库,SPSS 21.0统计学软件进行数据分析。结果共收集恶性疟病例血样234份,Pfcrt基因exon2区、K13基因kelch结构域巢式PCR扩增产物同时成功测序192份。其中,云南省本地感染病例血样12份,自非洲、缅甸感染的病例血样分别为30和150份。218份血样的Pfcrt基因exon2区DNA序列有7种单倍型,He为0.238 5,错义突变序列占83.0%（181/218）,7276位点呈单重突变（CVMNT）、双重突变（SVMNT）、三重突变（CVIET）的比例分别为1.8%（4/218）、6.4%（14/218）和74.8%（163/218）,7种单倍型以氯喹敏感型CVMNK为起始,再按单重、双重及三重突变的路径逐步进化。192份血样的K13基因kelch结构域DNA序列有21种单倍型,He为0.044 9,错义突变序列占35.9%（69/192）,在16、446、676等9个位点均只发生单重突变,F446I的突变率最高,为25.0%（48/192）,21种单倍型的中介网络图显示"星状"布局。云南省本地恶性疟原虫种群与缅甸种群间的Fst最小,为0.020 3。Pfcrt基因的氯喹敏感型CVMNK血样中,K13基因kelch结构域位点突变的比例为20.6%（7/34）,氯喹抗性型CVMNT、CVIET血样中的检出比例分别为1/4和36.4%（51/140）。结论云南省疫情报告病例中恶性疟原虫的氯喹、青蒿素相关抗性基因的联合突变率为27.1%,且青蒿素抗性基因突变型之间可能存在种群扩张模式。