猪蛋白编码基因3’UTR中IRPRE1元件的鉴定及其基因特征分析

来源 :湖南农业大学学报:自然科学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户：hanosn

【摘要】

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为鉴定猪全基因组范围内蛋白编码基因3’UTR(3’-untranslated region)中反向重复PRE1(inverted repeated PRE1,IRPRE1)元件,对猪全基因组的22342个蛋白编码基因的3’UTR序列

【作者】

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赵为民曹静邢菲王丽任守文付言峰李碧侠方晓敏

【机构】

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江苏省农业科学院畜牧研究所,江苏省农业种质资源保护与利用平台,江苏省农业科学院动物品种改良和繁育重点实验室,江苏农科传媒有限公司,南京农业大学动物科技学院

【出处】

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湖南农业大学学报:自然科学版

【发表日期】

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2020年3期

【关键词】

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猪蛋白编码基因 3’UTR IRPRE1元件特征分析 porcineprotein-coding gene3'-untranslated regio

【基金项目】

：

国家自然科学基金项目(31601928),国家生猪现代产业技术体系南京综合试验站(CARS-35),江苏省农业重大新品种创制项目(PZCZ201733)

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为鉴定猪全基因组范围内蛋白编码基因3’UTR(3’-untranslated region)中反向重复PRE1(inverted repeated PRE1,IRPRE1)元件,对猪全基因组的22342个蛋白编码基因的3’UTR序列进行重复序列元件的生物信息学分析。结果表明:猪蛋白编码基因的3’UTR序列中短散在重复序列与简单重复序列在重复序列的类别中所占比例较高,分别为27.58%与31.08%;在SINE/t RNA的重复元件中,Pre0_SS和PRE1x元件所占的比例较高,分别为41.83%和37.

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