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为探索适宜新疆早熟棉的SSR-PCR反应体系,采用L9（34）正交实验设计,研究了SSR-PCR反应体系的主要成分对扩增结果的影响。结果表明,棉花SSR-PCR最适反应体系为：在10μL的反应体系中,Taq DNA聚合酶用量为0.1 U、dNTP浓度0.2 mmol/L、引物浓度0.4μmol/L、Mg2＋浓度2.5 mmol/L和模板DNA 20 ng;在此基础上,从2300对SSR引物中筛选出多态性高的引物52条,分别构建了新疆已经审定的42个早熟棉品种的DNA指纹图谱。该研究为早熟棉品种鉴定、遗传多