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1999年7月至2000年7逐月测定隔河岩水库上下游共5个站的叶绿素a含量，全库年均2．55μg/L。除上游桃山站在2000年4月、5月出现高值6．00μg/L和11．25μg/L的特异性变化，其余各月均在0.72～4.48μg/L。各站年均在2.00～3．18μg/L，以上游桃山及下游临坝沿市口站最高。年变化受气候和水位升降综合作用，有5月、6月、9月及2月4个峰值。叶绿素a含量的垂直分布表明水流运动复杂。据OECD及美国FPA标准将隔河岩水库定为贫营养型。