豌豆黄叶突变体转录组测序和表达模式分析

来源 :山西农业科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wendychenwang
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为了探究豌豆黄化突变体形成机制,以豌豆黄化幼苗突变体(yl)和野生型植株(WT)为材料,对2份材料的叶片进行比较转录组分析.结果显示,利用高通量转录组测序技术分别从WT和yl中分别获得25599903、24806761条片段;通过对2份材料差异基因的筛选,共得到4423个差异表达基因(DEGs),其中,2449个上调表达,1974个下调表达;对其中9个相关基因进行了RT-qPCR验证,表达趋势与RNA-Seq结果一致.GO功能富集分析发现,差异基因广泛涉及生物合成与代谢等途径.对参与叶绿素合成和光合作用途径的DEGs进行表达模式分析,发现叶绿素降解与合成途径的关键基因可能与yl的形成有关.“,”Understanding the molecular mechanisms of chloroplast development and chlorophyll biosynthesis in pea(Pisum sativum L.)is extremely important for pea breeding. This study used high-throughput transcriptome sequencing and bioin-formatics analyses to examine changes in gene expression in leaves of yellow-leaf mutant(yl)and wild type(WT), and com-pared the gene expression profiles of these two pea types. A total of 25599903 and 24806761 high quality reads were ob-tained for the WT and the mutant, respectively. In total, 4423 differentially expressed genes (DEGs)were identified in yel-low-leaf mutant compared to WT, of which 2449 were up-regulated and 1974 were down-regulated. Gene ontology and pathway enrichment analyses indicated that the DEGs were involved in various biosynthetic and metabolic pathways. Expres-sion profiles of genes involving chlorophyll synthesis and photosynthetic pathways were illustrated. Quantitative RT-PCR analysis of the relevant DEGs confirmed the RNA-Seq results. Expression patterns of DEGs related with Chl metabolism showed that the key genes of chlorophyll synthesis and photosynthetic pathways may be related to the formation of yl.
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