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作为我国微生物学研究领域水平最高的国家级研究机构．微生物研究所历来重视国际合作，特别是进入知识创新工程以来，发挥自身优势，与国际著名学术机构发展长期双赢合作；在营造国际化环境，建设国际化研究所过程中采取了一系列有效措施，包括成立国际合作专门机构，并在财力和物力方面为国际合作提供保障；充分发挥国际人才的骨干作用；“引进”“输出”并举，以交流促进创新等。