杭州市推进产学研深度融合与自主创新示范区建设，面临体制机制和政策层面的矛盾等一系列问题，主要体现以下“四难”：一是产学研合作模式升级难，当前产学研合作功能简单，亟待向战略驱动、深度互嵌、多元生态位融合的高级产学研协同创新模式升级；二是知识产权市场估值难，“技术—市场”双料人才匮乏，导致“资—智”合作中产生国有资产流失风险、转移主体动力不足、知识产权纠纷等问题；三是科技中介机构的深度服务与系统整合难，高层次中介机构引进、培育力度不够，造成诸如技术工程化环节断链、公司治理与股权投资深度服务匮缺等问题；四是创新服务网络“最后一公里”落地难，政策性、增值性、复合性服务网络的覆盖面、网点资源的数量不足、质量不优、功能不全，影响协同创新资源的汇聚及产业化效率。
　　为克服科技转化与产学研协同创新中存在的痼疾，建议纵向升级产学研协同创新模式，横向推动全市域创新要素整合；点上培育发展创新驿站、产业研究院等协同创新生态化支持平台，面上大力推动“一站式”创新服务网络覆盖，强化金融创新服务功能、政策落地衔接功能、集群式深度中介服务功能。
　　杭州市产学研结合、国家自主创新示范区建设的关键着力点应放在各区域之间的“协同”和“联动”上。目前各区域在引才招商政策上类同，重复建设、简单同质化竞争严重，对科技协同创新内部的分工、转化、衔接贡献微弱，并造成资源、土地的无效投入和浪费。在市级层面上，引导我市十片区在明确优势定位的基础上形成互补式协同关系。重点克服税源竞争问题，对因基础研发、应用研发、规模生产阶段跨越造成的创新活动跨管辖区问题，可探索管辖区之间的地税分成机制。在工作布局上，探索建立滨江高新区与萧山片、江东片之间的创新要素衔接联动机制，启动城东“钱塘智慧城”与下沙、江东的产学研要素整合、“研发—制造”一体化要素整合，落实“两城开发区”对未来科技城和青山湖科技城的实质性功能、资源整合。在生态体系建设上，发挥全域创新资源统筹优势。以“众创空间”建设为纽带，突破区域管辖边界将分布十片区的孵化器、加速器、产业研究院、创新驿站等建设成信息相连、要素相亲的开放式众创空间网络。在资源服务共享上，发挥众创空间网络的零公里、一站式服务优势，为科技中小企业、科研团队提供大型科学仪器设备、科技文献、科学数据等共享资源，提供科技投融资服务以及公司法务、股权激励咨询、知识产权纠纷调解等援助服务。鼓励大学、科研院所在的多点众创空间设立专门技术转移办公室，从事技术转移市场分析、科技价值评估、交易促成、担保融资等服务，激发产学研结合创新的自生长活力。