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通过比较分析镇安县2005年单病种患者和非单病种患者实际补偿比以及疾病顺位前15名的疾病中，按照单病种定额付费支付患者和例外情况患者实际补偿比，证明现在农村医疗机构单病种定额付费能够规范医务人员服务行为，控制不合理收费。提高参合农民实际补偿比，但是在目前条件下，仍需要总额预付制等其他支付方式作为补充。