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生物工程专业综合实验是培养学生专业技能、提高综合工程素质、加强工程实践能力非常重要的教学环节。该文针对当前生物工程专业实验教学过程存在的问题，提出了以学生为主体的研究型教学理念。从实验教学内容改革、改进实验教学方法和建立科学合理的多元化考核考评体系三方面介绍了研究与实施的主要内容，构建了生物工程专业实验教学新模式。最后对实施效果进行评价，并在促进实验教学效果和提高学生创新实践能力等方面取得了良好效果。