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以预算控制系统理论为基础,运用问卷调查数据系统分析了预算控制系统因素(制度设计、内部监督和第三方评估审计)对科研经费支出绩效的影响机制,以及核算难度的调节作用。将科研经费支出绩效分为科研人员经费使用绩效和科研单位经费管理绩效两个层面。研究表明,制度设计和内部监督以预算执行力为中介显著正向影响科研经费支出的两个层面绩效;第三方评估审计以预算执行力为中介显著正向影响科研人员经费使用绩效,但对科研单位经费管理绩效无显著影响;同时,核算难度负向调节预算执行力与科研经费支出两个层面绩效之间的关系。