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应用蛋白质组学方法揭示植物与微生物的互作机制是当前植物病理学研究的热点之一。结合水稻感染水稻条纹病毒后的蛋白质组学分析经验，综述了蛋白质组学在水稻与微生物互作研究中的应用，包括水稻与真菌、细菌、病毒互作的蛋白组学和突变体蛋白质组学。在总结研究现状的基础上，提出了水稻与微生物互作的蛋白质组学研究中存在的问题，并对陔领域的发展前景进行展望。