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【目的】明确草莓根颈腐烂病的病原,为草莓根颈腐烂病的防治及抗病育种提供依据。【方法】对取自湖北省武汉市的发病草莓植株分别进行发病组织培养、分离纯化。采用牙签根颈接种方法进行致病性测定;观察病原微生物在马铃薯葡萄糖琼脂培养基(potato dextrose agar,PDA)上的菌落形态;从所分离到的菌株中选择PDA培养基平板上形态不同的Zhd-3、Zhd-4-1和Zhd-5进行后续试验和分析。测定各菌株在18℃黑暗条件下的菌丝生长速度,然后用方差分析程序(ANOVA)对不同菌株间的差异显著性进行分析;采用光学显微镜和扫描电子显微镜对病原菌在草莓叶柄上产生的分生孢子形态进行分析。分别以Zhd-3、Zhd-4-1和Zhd-5的基因组DNA为模板对这3个菌株的部分肌动蛋白基因(Actin,ACT)、β-维管蛋白基因(β-Tubulin 2,TUB2)和钙调蛋白基因(Calmodulin,CAL)进行PCR扩增,并将PCR产物测序。将Zhd-3、Zhd-4-1和Zhd-5与胶孢炭疽复合种内全部23个种的代表性菌株一起进行系统进化分析。采用Mega4.1软件和邻接法进行基于病原菌ACT、TUB2和CAL序列的多基因位点系统进化分析。【结果】从武汉市郊发病草莓植株上共分离纯化到15个菌株,不同菌株在PDA培养基平板上的正面形态没有显著差异,但是背面形态却明显不同,根据各菌株的PDA平板背面形态将15个菌株分成3组,分别从每组中选择Zhd-3、Zhd-4-1和Zhd-5进行后续形态学鉴定和系统进化分析。3个菌株在采用牙签接种法接种草莓根颈时均能使草莓植株发病;使用这3个菌株接种草莓叶柄时均能在病斑处产生分生孢子,但分生孢子形态没有显著差异;20个分生孢子的平均大小为11μm×3.8μm;3个菌株在18℃黑暗条件下的菌丝生长速度分别为0.82、0.68和0.88 cm·d-1;这些生物学特征表明这些菌株属于胶孢炭疽复合种。通过基于ACT、TUB2和CAL的多基因系统进化分析结果表明菌株Zhd-3、Zhd-4-1和Zhd-5与已鉴定为Colletotrichum siamense的菌株ICMP12567、ICMP17795、ICMP18121、CBS113199和CBS112983归在1个分支,其自展支持率为84%,能够与胶孢炭疽复合种内的其他物种区分开。【结论】通过对草莓根颈腐烂病菌的生物学特性、柯赫氏法则证病过程及基于ACT、TUB2和CAL的多基因系统进化分析,明确了引起武汉地区草莓根颈腐烂病的病原为胶孢炭疽菌复合种内的C.siamense。