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改革开放30多年来,我国学院制改革经历了三个重要阶段:20世纪80年代对院系调整进行修正;20世纪90年代对院校合并作出回应;21世纪初对院校发展科学筹划。高校办学自主权的不断扩大是我国学院制改革的外部动力,促进学科发展、强化管理绩效、提高人才培养质量则是其内部动因。学院制改革中还存在着学院设置不规范、权力配置不合理、绩效评估不到位等难点问题。未来学院制改革的策略选择应由经验向科学转变,由"自下而上"向"自上而下"过渡。