【摘 要】
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为探究基于A矩阵期望遗传关系最大化(maximizing the expected genetic relationship for matrix A,RELA)、基于A矩阵目标群体遗传方差最小化(minimized the target population genetic variance for matrix A,MCA)、平均亲缘关系最大化(the highest mean kinship coefficients,KIN)、随机选择(random selection,RAN)、共同祖先筛选(co
【机 构】
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华南农业大学动物科学学院国家生猪种业工程技术研究中心,广州510642;福建傲农生物科技集团股份有限公司,漳州363000;华南农业大学动物科学学院国家生猪种业工程技术研究中心,广州510642;汕头
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为探究基于A矩阵期望遗传关系最大化(maximizing the expected genetic relationship for matrix A,RELA)、基于A矩阵目标群体遗传方差最小化(minimized the target population genetic variance for matrix A,MCA)、平均亲缘关系最大化(the highest mean kinship coefficients,KIN)、随机选择(random selection,RAN)、共同祖先筛选(common ancestor,CA)等不同参考群筛选方法及参考群规模对基因型填充准确性的影响.本研究使用矮小型黄羽肉鸡作为试验群体,采用鸡600K SNP芯片(Affymetrix Axion HD genotyping array)进行基因分型,测定435羽子代公鸡45、56、70、84、91日龄体重.利用Beagle软件将低密度SNP芯片填充为高密度SNP芯片数据,比较不同参考群筛选方法、参考群规模对基因型填充准确性的影响,以及填充芯片基因组预测准确性.结果 表明,使用Beagle 4.0结合系谱信息进行填充效果最佳,其次为Beagle 4.0,而Beagle 5.1填充效果最差.使用MCA方法筛选参考群进行基因型填充准确性最高,使用RAN方法筛选参考群进行基因型填充准确性最低,MCA、RELA、CA 3种方法基因型填充准确性差别较小.相比其他方法,使用MCA方法筛选个体作为参考群将低密度SNP芯片填充至高密度SNP芯片进行基因组选择的预测准确性较高,与真实高密度SNP芯片的基因组预测准确性相差甚微.随着参考群规模增大,基因型填充准确性也随之增加,但增速逐渐下降,最后趋于平缓.综上所述,可以通过参考群筛选方法构建参考群以及控制参考群规模,以保证基因型填充和基因组预测准确性并节省成本,本研究为基因型填充在畜禽遗传育种中的应用提供技术参考.
其他文献
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对番茄品种\'惠裕\'和10个砧木品种进行了青枯病、枯萎病和黄萎病的苗期抗性鉴定,并以\'惠裕\'为接穗,研究了10个砧木品种嫁接对其幼苗成活率、植株生长和果实品质的影响.结果表明:砧木\'健壮25\'的综合抗病性最好,对黄萎病表现为高抗,对青枯病、枯萎病表现为抗病;各砧木品种的嫁接成活率均在90％以上,与\'惠裕\'的亲和性较好;各砧木品种嫁接均提高了番茄植株的茎粗、叶长、叶宽和单果重,单株产量以\'京番501\'浙砧5号\'健壮25\'嫁接增幅较大;不同
为探讨黄鳝对稻田资源的利用特征,连续监测水稻生长期内(6—10月)黄鳝潜在饵料资源的碳、氮稳定同位素值变化,利用IsoSource软件计算不同食物对消费者的贡献率,并根据营养级公式计算消费者的相对位置,应用“简化食物网”原则,构建稻鳝共作水体食物网,分析其结构特征.结果表明:6—10月,稻鳝共作水体的δ13 C值为-31.364‰—13.205‰,δ15 N值为-1.444‰—10.082‰.黄鳝的主要能量来源是沉积物、腐殖质、水生昆虫、寡毛类、浮萍和泥鳅;穗花狐尾藻、水花生和双穗雀稗固定的碳未流向黄鳝.
氮污染已成为影响南四湖水质的重要因素之一,为了解南四湖沉积物中可培养氨氧化细菌的种类和系统发育信息,采用富集培养的方法,从南四湖人工湿地沉积物中筛选出具有氨氮去除能力的细菌,并用格利斯试剂检测细菌氨氮去除能力的强弱,从沉积物中筛选出高效的氨氧化细菌,并对其进行16S rDNA序列系统进化树的构建及分析.结果筛选到5株氨氧化细菌,经鉴定:3号和11号属于异氧硝化菌(Diaphorobacter sp.)、5号属于嗜酸菌(Acidovorax ebreus)、4号和12号属于酯香微杆菌(Microbacter
农业龙头企业是推动智慧农业发展的先行者和主力军,为考察上海智慧农业发展现状及存在的问题,根据对上海市93家农业龙头企业的抽样调查问卷,采用统计分析的方法,从农业龙头企业对智慧农业的认知、对智慧农业技术的采用情况、政府扶持与技术推广情况等方面进行调研分析,提出有助于推进上海智慧农业发展的对策建议.结果表明:龙头企业负责人对智慧农业的了解程度不高,但关注度较高.龙头企业负责人对智慧农业带来好处的认可度较高,认为政策和资金支持、技术成熟适用、规模化经营是发展智慧农业的必要条件.阻碍农业企业采用智慧农业技术的主要
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在菠菜、普通白菜和叶用莴苣3种基质中添加不同水平的烯啶虫胺和氟啶虫胺腈,样品经乙腈涡旋提取,用无水MgSO4、GCB、PSA和C18分散固相萃取净化后,采用液相色谱-串联质谱仪(LC-MS/MS)检测.结果表明:在5—200μg/L范围内,烯啶虫胺和氟啶虫胺腈的峰面积与其质量浓度呈良好线性关系,方法检出限为5μg/kg;在10μg/kg、50μg/kg和100μg/kg三个添加水平下,烯啶虫胺和氟啶虫胺腈回收率为92.6％—105.3％,相对标准偏差(RSD)为1.6％—6.8％.该方法可以满足绿叶蔬菜中
为测定临床流行的猪流行性腹泻病毒(Porcine Epidemic Diarrhea Virus,PEDV)-XS12毒株对新生仔猪的半数致死量(LD50),了解不同攻毒剂量对新生仔猪攻毒后体征指标的影响,探索新生仔猪PEDV攻毒模型的建立,依次对PEDVAg-/Ab-未哺乳新生仔猪进行PEDV肠毒增殖、肠毒扩增后的病毒载量测定和攻毒后新生仔猪的LD50测定.测定过程中对采食量、体重、体温、24 h排泄量、粪便病毒载量等指标进行24 h、为期7 d的观察与记录,并通过固定剂量法(Fixed Dose Pr
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