旨在探究藏猪与瘦肉型猪（杜×长×大,DLY猪）回肠菌群结构差异,为藏猪功能性菌株的挖掘奠定基础。试验选取月龄相近的藏猪和DLY猪各5头,饲喂期间,藏猪和DLY猪均饲喂玉米-豆粕型日粮。采用第三代高通量测序技术测定藏猪和DLY猪回肠的微生物多样性及菌群结构。结果表明:从藏猪回肠中共获得259个OTUs,而在DLY猪回肠中共获得317个OTUs, 2种猪所获OTUs数量不同,6种Alpha多样性指数在藏猪和DLY猪中均没有显著差异,但PCA分析得到藏猪和DLY猪回肠菌群结构存在差异。变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门为藏猪和DLY猪回肠的主要菌门,3种菌门在藏猪回肠中的相对丰度依次为85.29%、8.26%和5.31%,而在DLY猪中3种菌门的相对丰度依次为79.18%、13.87%和3.25%,3种菌门在两种猪回肠中没有显著差异。藏猪回肠中埃希菌属、格拉菌属、梭菌属、梭杆菌属和放线杆菌属显著低于DLY猪。此外,本研究还鉴定到了59个菌种,其中8个菌种在藏猪和DLY猪中存在显著差异,依次为大肠埃希菌、副猪格拉菌、豚放线杆菌、猪链球菌、苏黎世杆菌、胚胎弯曲杆菌、幽门螺杆菌和牛月形单胞菌。由此说明,猪种不同,其回肠中优势菌群的相对丰度和特定菌群种类不同,这可能与猪种不同,其肠道生理功能存在一定差异有关。