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PCR仪对温度控制要求很高,应用最广泛的常规PID控制器已经不能满足要求。由机理法推导了PCR仪变温系统的数学模型并且得到系统传递函数。设计了一个二维模糊PID控制器,通过matlab软件分别对普通PID控制器和模糊PID控制器进行仿真,结果表明模糊PID算法明显具有到达稳态时间短、超调量小、鲁棒性强等优势,能够很好地满足PCR仪对温度控制的要求。