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野外调查和标本鉴定结果表明,云开山自然保护区共有185种蕨类植物,其中10种为广东新分布:中华桫椤(Alsophila costularis)、白桫椤(Sphaeropteris brunoniana)、有刺凤尾蕨(Pteris setulosacostulata)、禾秆亮毛蕨(Acystopteris tenuisecta)、高大短肠蕨(Allantodia muricata)、细裂铁角蕨(Asplenium tenuifolium)、无盖肉刺蕨(Nothoperanema shikokianum)、蓝色鳞毛蕨(Dryopteris polita)、云南舌蕨(Elaphoglossum yunnanense)和黑鳞剑蕨(Loxogramme assimilis)。该地蕨类植物区系主要由亚洲热带亚热带分布和东亚分布成分(各占约37%的种类)构成,以鳞毛蕨科(Dryopteridaceae)、水龙骨科(Polypodiaceae)、金星蕨科(Thelypteridaceae)、蹄盖蕨科(Athyriaceae)和铁角蕨科(Aspleniaceae)的植物最为丰富,包含13种中国特有种但缺乏本地特有成分。垂直分布的统计结果表明,绝大多数植物(143种)生活在海拔900～1300 m的常绿阔叶林下,局限分布于海拔800 m以下的植物有15种,而局限分布于海拔1400～1700 m的植物有23种。该地的珍稀蕨类植物有马尾杉(Phlegmariurus phlegmaria)、华南马尾杉(P.austrosinicu)、薄叶阴地蕨(Sceptridium daucifolium)、小黑桫椤(Gymnosphaera metteniana)、中华桫椤、白桫椤、长柄车前蕨(Antrophyum obovatum)、黑鳞复叶耳蕨(Arachniodes nigrospinosa)、两广鳞毛蕨(Dryopteris liangkwangensis)、云南舌蕨、燕尾蕨(Cheiropleuria bicuspis)、锯蕨(Micropolypodium okuboi)和穴子蕨(Prosaptia urceolaris)。